freeeとマネーフォワードの比較｜
スタートアップにおすすめのクラウド会計を税理士が解説
「freeeとマネーフォワード、どちらがいいですか？」会社設立したばかりのスタートアップのクライアントから最もよく聞かれる質問のひとつです。
どちらも優れたクラウド会計ソフトですが、「正解」は会社の状況によって異なります。神宮前あおば税理士法人では、freee・マネーフォワードいずれのケースでも上場会社・上場準備会社での利用経験がございます。freee・マネーフォワードの両方に精通した認定パートナーとして、お客様のニーズに応じた最適な選択肢をご提案しています。
以下の3つの視点と、フローチャートを参考に、自社に合ったクラウド会計を選んでください。なお、上場を目指されているクライアントについては、内部統制・監査対応の観点から別途ご相談ください。
freee vs マネーフォワード（MF）主要項目の比較
| 比較項目 | freee | MF |
|---|---|---|
| 操作の直感性 | ★★★★★ 簿記知識不要で使いやすい |
★★★☆☆ 複式簿記の知識があると◎ |
| 簿記知識がない担当者 | freee推奨 | やや難しい場合がある |
| 簿記2級以上の担当者 | どちらでも対応可 | MF推奨 |
| Shopify連携 | freee推奨 効率的な連携実績あり |
連携可能だが工数がかかる場合も |
| 銀行・クレカAPI連携 | 両対応 | 両対応 |
| バクラク請求書連携 | 両対応 | 両対応 |
| 弥生・勘定奉行からの移行 | 移行可能 | MF推奨 複式簿記ベースでスムーズ |
| 上場準備・監査対応 | 別途ご相談ください | 別途ご相談ください |
選択の3つのポイント
API連携するシステムで選ぶ
他社のデータをクラウド会計と連携したい場合、まず連携先のシステムとの相性を確認しましょう。例えば、現時点（2026年5月）では、D2CビジネスでShopifyのデータをインポートする場合、Claude Coworkを利用することで、freeeの方が効率的に連携できます。
銀行口座・クレジットカードやバクラク請求書との連携であれば、freee・マネーフォワードどちらでもストレスなくAPI連携できます。まず自社が連携したいシステムをリストアップし、各クラウド会計の対応状況を確認するのが最初のステップです。
スタートアップ・ベンチャー企業では、会計ソフトをハブにして複数のツールを連携させるケースが増えています。在庫管理・ECカート・POS・給与計算・経費精算・請求書管理など、業種によって連携したいシステムは異なります。導入前に「どのシステムとデータを連携させるか」を整理しておくことで、ソフト選びの失敗を防ぎやすくなります。API連携の設定や運用でお困りの際は、神宮前あおば税理士法人にご相談ください。
経理担当者の簿記知識で選ぶ
複式簿記の知識がある方（日商簿記2級以上、または弥生会計・勘定奉行などの入力経験者）が経理を担当する場合は、マネーフォワードを第1候補にすることをおすすめします。複式簿記のルールで記帳・修正できるため、他のソフトからの移行もスムーズです。
一方、経理担当者に簿記の知識がない場合は、直感的に操作できるfreeeが適しています。freeeはAIによる自動仕訳機能が充実しており、会計の専門知識がなくても日々の記帳を進めやすい設計になっています。
スタートアップでは、創業期に代表者や総務スタッフが兼務で経理を担うケースが多いです。このような場合、専門知識がなくても操作しやすいfreeeを選ぶと、日々の記帳負担を軽減しやすくなります。会社の成長とともに経理専任担当者を採用する際には、その方の知識水準に合わせてソフトの見直しを検討する選択肢もあります。なお、マネーフォワードは複式簿記に精通している担当者にとっては、弥生会計・勘定奉行からのデータ移行がしやすい設計になっています。そのため、「既存の会計ソフトから乗り換えたい」というケースにも向いています。
記帳を自社でやるか、税理士に依頼するかで選ぶ
記帳業務を税理士にアウトソースしたい場合は、依頼する会計事務所が得意とするクラウド会計を選ぶと良いでしょう。会計事務所によっては、業務効率化のためにどちらか一方のみ対応している場合があるからです。
自社で記帳を行い、かつ入力担当者に簿記の知識がない場合は、直感的に入力できるfreeeがおすすめです。その場合は、会計事務所に月次レビューを依頼することで、正確な帳簿管理が可能になります。
記帳体制は、会社の成長ステージによっても変わります。創業期は代表者や総務スタッフが自社で入力し、税理士が月次確認を行うスタイルが一般的です。従業員が増えて業務量が拡大した段階では、記帳代行を含むアウトソーシングに切り替えることで、社内リソースをより重要業務に集中させることができます。会計事務所を選ぶ際は「freeeとマネーフォワード、どちらに対応していますか？」と事前に確認しておくことをお勧めします。神宮前あおば税理士法人はfreee・マネーフォワードの両方に対応しており、導入時から月次レビュー・記帳代行まで柔軟にご対応しています。
どちらを選ぶ？選択フローチャート
API連携が必要ですか？
連携できないシステム？
判断
簿記の知識はありますか？
↓
↓
料金プラン比較（法人向け）
※ 料金はすべて税抜表示です。最新の料金・プラン内容は各公式サイトでご確認ください（変更される場合があります）。
freee会計
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MF クラウド会計
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最新アップデート
神宮前あおば税理士法人では、会計業務へのAI活用を積極的に推進しています。Claude CoworkのMCP（Model Context Protocol）連携により、AIアシスタントとfreeeのデータが直接つながり、クラウド会計の活用がさらに効率的になっています。
自動取得・分析
確認・整理支援
即時回答
ご興味のある方は、神宮前あおば税理士法人までお気軽にご相談ください。
2026年7月、マネーフォワードはAI Coworkをリリース予定です。AIがバックオフィス業務を自動化するこの新機能により、バックオフィス業務がより効率的・自動化される予定です。
自動化
効率化
自動化
マネーフォワード クラウドをご利用中・導入検討中の方は、このタイミングで体制を整えておくことをお勧めします。
freee・マネーフォワードの導入をサポートします
神宮前あおば税理士法人は、freee 5つ星認定アドバイザー・マネーフォワードゴールドメンバーとして、
クラウド会計の導入から日常的な運用サポートまで対応しています。
どちらが自社に合っているかわからない方も、まずはお気軽にご相談ください。
📍 東京都港区｜神宮前あおば税理士法人
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